As Tartarugas Ninja vêm a Gotham City para descobrir que o Clan do Pé e o seu líder, o Shredder, estão a trabalhar com a Liga dos Assassinos e o Joker para colocar Gotham num estado de Mutação. Deixando o próprio Batman a investigar a atividade criminosa do Pé e a unir forças com as Tartarugas para prevenir o desfecho.
