A aventura começa com o aparecimento de Mewtwo, um Pokémon biogenético criado a partir do ADN de Mew, o mais raro e poderoso Pokémon. Determinado a provar a sua superioridade, Mewtwo desafia Ash, Pikachu e todos os outros para um combate nunca visto. Mewtwo vs. Mew: Super-Clone vs. Pokémon, este é o derradeiro combate... onde o futuro da humanidade está em jogo!
