Gintoki e os seus amigos da Yorozuya, Shinpachi e Kagura, continuam a sobreviver na futurista cidade de Edo, infestada de alienígenas. Eles aceitam qualquer trabalho que encontram, tentando não se envolver em nada perigoso. Katsura, o líder dos rebeldes Joui e conhecido de longa data de Gintoki, desaparece após ser atacado por um assassino desconhecido, Shinpachi e Kagura começam uma investigação sobre o seu paradeiro e a identidade do agressor. Enquanto isso, Gintoki aceita um trabalho aparentemente sem relação, o ferreiro Tetsuya pede que Gin recupere uma espada estranha e poderosa chamada Benizakura, que foi roubada recentemente. À medida que as duas investigações se cruzam gradualmente, a equipa Yorozuya encontra-se no meio de uma grande conspiração que gira em torno da natureza sinistra da espada Benizakura. Gintoki decide levar a luta diretamente ao quartel-general do inimigo e, juntamente com alguns aliados inesperados, embarca numa das suas missões mais perigosas até agora.
