17歳の少年、春日アラタは同居人である少女、春日聖とごく普通の日常生活を過ごしていた。ある日、太陽が黒く見えたことをきっかけとして世界に違和感を覚えたことを語るアラタに対し、聖は突如豹変した。混乱するアラタの前に、武器を持った謎の少女が現れる。アラタは自分の住む街が「崩壊現象」なる謎の現象ですでに失われていること、現在の世界は彼の願いにより創られたものであることを知らされ、聖は魔導書をアラタに託して異界へと消えた。 崩壊現象の調査のために魔導学園よりこの地に派遣されたという謎の少女、浅見リリスに魔導書の引き渡しと世界の原状復帰、そして聖に対する記憶の消去を要求されたアラタは、自身も魔道士となって崩壊現象の謎を解明し、聖を救うことを宣言する。 アラタは世界に5つのみ存在する魔導学園の1つ、王立ビブリア学園へ入学するが、崩壊現象に遭遇した際に魔王候補と目されて伝説の魔導書を託されていたアラタを待ち受けていたのは、学園において各書庫にある「秘奥義」（ロスト・テクニカ）を習得した者の1人であったリリスと他6人の秘奥義の習得者、計7人の美少女魔道士「トリニティセブン」であった。 こうして、「魔王の因子」を持つ魔王候補となったアラタと彼を取り巻くトリニティセブン、そして魔道士たちによるラブコメ&時々シリアスな魔法学園物語が幕を開く。
