江戸時代の武士の心得を書いた指南書『葉隠れ（はがくれ）』を愛読し、武士道の世界に憧れる孤独な殺し屋“ゴースト・ドッグ”。ある日彼は、イタリア系マフィア、ヴァーゴ・ファミリーの幹部を務めるかつて命を助けられた恩人ルーイから依頼を受け、ファミリーのボスの愛娘ルイーズに手を出した部下の暗殺を遂行する。ところが指令の現場にルイーズが居合わせたことから、ボスの体面のためにファミリーが放った刺客から命を狙われる羽目に。ゴースト・ドッグは必死の反撃に打って出るが……。
