探検家でもあるマツゲール博士は、エンゼルアイランドの遺跡の探検中に、生まれたばかりの不思議な鳥を発見する。博士はこの鳥に「キョロ」と名付け、探検の相棒として一緒に世界各地を回ることにした。 それから3年後、博士はキョロちゃんのふるさとであるエンゼルアイランドに船で向かっていた時に、嵐に遭遇し船が難破してしまう。キョロちゃんはエンゼルアイランドにたどり着いたものの、マツゲール博士は行方不明になってしまった。エンゼルアイランドでパチクリ達と友達になったキョロちゃんは、博士の無事を祈りつつ、エンゼルアイランドでの生活を始める。
