主人公・遊城十代（ゆうき・じゅうだい）は、デュエル・アカデミア実技試験会場に向かう途中で伝説のデュエリスト・武藤遊戯と出会い、「ハネクリボー」のカードを譲り受ける。十代は憧れていた遊戯のようなデュエリストになるために、寄宿制のデュエリスト養成学校デュエル・アカデミアに入学を果たす。孤島に設立された学園では、学生たちが一流のデュエリストを目指して切磋琢磨していた。
Season 1
180 Episodes
E1 遊戯を継ぐ者
E2 フレイム・ウィングマン
E3 エトワール・サイバー
E4 ５重合体！ＶＷＸＹＺ（ヴィトゥズィ）
E5 闇のデーモンデッキ
E6 ハネクリボーの奇跡
E7 翔の乗り物（ビークロイド）デッキ
E8 最強！サイバーエンド・ドラゴン
E9 一撃必殺！ちゃぶ台返し
E10 十代＆翔！タッグデュエル（前編）
E11 十代＆翔！タッグデュエル（後編）
E12 酸素＋水素＝Ｈ２Ｏ（ウォーター）ドラゴン
E13 野生解放！ＳＡＬデュエル
E14 ＶＳ（バーサス）サイコショッカー!?
E15 青春のデュエルテニス
E16 闇夜のキングゴブリン
E17 ドロー！ドロー！ドロー！
E18 ＶＳ（バーサス）遊戯デッキ（前編）
E19 ＶＳ（バーサス）遊戯デッキ（後編）
E20 恋する乙女は強いのよデッキ！
E21 融合封じ！十代ＶＳ（バーサス）三沢（前編）
E22 ワイルドマン召喚！十代ＶＳ（バーサス）三沢（後編）
E23 脱力！もけもけデュエル
E24 復活！万丈目サンダー
E25 ＶＳ（バーサス）万丈目サンダー（前編） アームドドラゴンの脅威
E26 ＶＳ（バーサス）万丈目サンダー（後編） アームドドラゴンＬＶ７（レベルセブン）
E27 課外授業は闇のデュエル!?（前編）
E28 課外授業は闇のデュエル!?（後編）
E29 ＶＳ（バーサス）ダークネス（前編） 真紅眼の黒竜（レッドアイズ・ブラックドラゴン）の挑戦
E30 ＶＳ（バーサス）ダークネス（後編） 真紅眼の闇竜（レッドアイズ・ダークネスドラゴン）の攻撃
E31 クロノスVS吸血美女（ヴァンパイア）カミューラ
E32 カイザーVSカミューラ 幻魔の扉発動！
E33 輝け！シャイニング・フレア・ウィングマン
E34 湯けむり旅情！青眼の白龍（ブルーアイズ・ホワイトドラゴン）
E35 兄弟の結束！おジャマデルタハリケーン
E36 三沢っちVSアマゾネス！ ムコとりデュエル
E37 肉弾デュエル！アマゾネスのデスリング
E38 水中デュエル！伝説の都アトランティス
E39 名探偵サンダーＶＳ黒サソリ盗掘団
E40 Ｈ・Ｅ・Ｒ・Ｏ（エイチイーアールオー）フラッシュ！
E41 闇の闘牛場（ダーク・アリーナ）発動！明日香ＶＳタイタン
E42 学園祭デュエル！ブラマジガール乱入
E43 明日香にセカンド・ラブ・チャンス!?
E44 ７人目の影
E45 VSアムナエル！ Ｅ（エレメンタル）ヒーロー絶対封じ
E46 地水炎風（ちすいえんふう）融合！ エリクシーラー
E47 明日香VS万丈目！ サイバー・エンジェル－弁天－
E48 VS影丸（前編）２つの幻魔
E49 VS影丸（後編）三幻魔覚醒
E50 隼人VSクロノス！ エアーズロックサンライズ
E51 VSカイザー（前編）パワー・ボンド×（アンド）サイバーエンド
E52 VSカイザー（後編） ファイナル・フュージョン
E53 運命のはじまり！新入生エド・フェニックス
E54 サンダーＶＳエリート君！メカおジャマキング発進
E55 ティラノ剣山登場ざうるす！
E56 翔ＶＳ昆虫少女！インセクト・プリンセス
E57 カイザーＶＳエド！プロリーグの戦い
E58 ＶＳエド（前編）Ｅヒーロー対Ｅヒーロー
E59 ＶＳエド（後編）運命のＤヒーロー
E60 明日香ＶＳ吹雪！兄妹アイドルへの道
E61 斎王登場！運命のタロットデッキ
E62 新Ｅ（エレメンタル）ヒーロー！ネオス
E63 剣山VSカレーの魔人！スパイシーデュエル
E64 翔VS剣山！アニキへの熱き想いデュエル
E65 ヘルカイザー亮！キメラテック・オーバー・ドラゴン
E66 十代初夢デュエル！
E67 VSエド（前編）新たな力！アクア・ネオス
E68 VSエド（後編）炎のフレア・ネオス
E69 クロノスVSナポレオン！トイソルジャーの行進
E70 明日香VS万丈目ホワイトサンダー！
E71 VSゲームチャンプ！巨大戦艦テトラン発進
E72 デッキ破壊を破壊せよ
E73 剣山VS斎王！恐竜ＤＮＡだドン
E74 黄泉ガエル！イキカエル！デスガエル！
E75 修学旅行タッグデュエル
E76 究極合体！レックスユニオン
E77 恐怖の四帝! デミウルゴス・EMA
E78 最強タッグ！？十代＆エド（前編）
E79 最強タッグ！？十代＆エド（後編）
E80 絶望の国のアリス
E81 クイズデュエル！？ＶＳナゾラー・パネル９
E82 三沢ＶＳ万丈目 アサルト・キャノン・ビートル
E83 ヘルカイザー亮ＶＳマスター鮫島
E84 ジェネックス開幕！目指せ１番！
E85 神のカード「ラーの翼神竜」を操る男！？
E86 デュエルの花道
E87 がんばれ！おジャマトリオ（前編）
E88 がんばれ！おジャマトリオ（後編）
E89 ヘルカイザーＶＳダークネス吹雪
E90 アカデミアのプライド
E91 ワンターンキルの死神
E92 トライアングル・デュエル
E93 白夜の決闘！十代ＶＳ明日香（前編）
E94 白夜龍！十代ＶＳ明日香（後編）
E95 仁義なき兄弟デュエル 亮ＶＳ翔
E96 相対性フィールド！十代ＶＳ天才博士
E97 登場！謎の世界チャンプ！
E98 ついに発動！究極のＤのカード
E99 十代ＶＳレーザー衛星の恐怖
E100 究極のアルカナ「ザ・ワールド」
E101 エド、必殺の一撃！「ブルーＤ」
E102 光の波動ＶＳネオ・スペーシアン
E103 十代ピンチ！フィールド魔法「光の結界」
E104 勝利の行方は？！十代ＶＳ斎王
E105 新学期スタート！波乱の予感
E106 十代と宝玉獣デッキのヨハン
E107 ネオ・スペーシアンＶＳ宝玉獣
E108 プロフェッサー・コブラの刺客
E109 十代と炎のオブライエン
E110 ティラノ剣山と化石竜のジム
E111 万丈目と雲デッキのアモン
E112 サンダーＶＳアイ・オブ・ザ・タイフーン
E113 十代ＶＳ裏切りのＥ（エレメンタル）ヒーロー
E114 絶体絶命！傷だらけのヒーロー
E115 精霊狩りのギース
E116 宝玉獣ＶＳ地獄の番犬（ヘル・ガンドッグ）
E117 決戦！十代ＶＳプロフェッサー・コブラ
E118 恐怖！毒蛇王ヴェノミノン
E119 トリプルコンタクト融合！マグマ・ネオス
E120 異世界での戦い！宝玉獣ＶＳハーピィレディ
E121 砂漠のサバイバル！ヨハンＶＳ蟻地獄
E122 デュエルアカデミア危機！ゾンビ生徒の恐怖！
E123 レイ救出作戦！Ｅ・ヒーローＶＳ堕天使ナース
E124 学園分裂！腹ペコデュエル
E125 ヨハン・ジム・オブライエンＶＳ仮面の三騎士
E126 十代ＶＳ万丈目・竜騎士ダークソード
E127 封印を破りし者・マルタン
E128 宝玉獣ＶＳサイバー・エンド・ドラゴン
E129 三幻魔の脅威！十代ＶＳマルタン
E130 レインボードラゴン覚醒
E131 エースカード大集合！！開け、次元の扉！
E132 生死を賭けた決闘（デュエル）
E133 十代VS暗黒界の斥候スカー
E134 十代VS暗黒界の騎士ズール
E135 十代VS暗黒界の狂王ブロン
E136 邪心教典発動！暗黒界の魔神レイン
E137 翔の決意！「友情の証」
E138 覇王降臨・死の決闘者（デュエリスト）たち
E139 ダーク・フュージョン！インフェルノ・ウイング！！
E140 空前絶後・超融合発動！
E141 恐怖の覇王！彷徨えるオブライエン
E142 勝ち残る者が正義！覇王ＶＳオブライエン
E143 ヴォルカニック・デビルＶＳ最凶のイービル・ヒーロー
E144 発動！究極封印解放儀式術
E145 究極封印神エクゾディオス召喚！
E146 封印された融合
E147 因縁の対決！サイバー流ＶＳ宝玉獣
E148 究極ドラゴン対決！サイバー・エンドＶＳレインボー・ダーク
E149 魔神対決！幻魔ＶＳエクゾディア
E150 「ユベル」召喚！
E151 ネオスＶＳアドバンスド宝玉獣
E152 超融合発動！レインボー・ネオス
E153 選ばれしカード対決！エレメンタル・ヒーローＶＳユベル
E154 甦る覇王十代！
E155 レインボー・ネオスＶＳユベル究極態
E156 十代復活！？新たなる旅立ち
E157 忍びよる脅威！「謎の来訪者」
E158 さらばデュエルアカデミア！十代の選ぶ道
E159 ダークネスの真相！十代ＶＳ吹雪
E160 融合する魂！ネオスＶＳ Ｆ・Ｇ・Ｄ（ファイブ・ゴッド・ドラゴン）
E161 シャル・ウイ・デュエル？ペアデュエルへの招待
E162 十代ＶＳ明日香！ 秘めた想いの伏せカード
E163 サイコ・ショッカーからの挑戦状
E164 受け継がれしサイバー・ダーク・ドラゴン
E165 目指せ万丈目!プロデュエリストへの道！
E166 アームド・ドラゴンＶＳドラグーン・Ｄ・エンド
E167 恩返しデュエル！クロノスＶＳ元祖ドロップアウト・ボーイ
E168 卒業デュエル開始！ネオスＶＳホルスの黒炎竜
E169 決断の代償！オブライエン炎の闇
E170 斎王再び！「絶対運命決定力」発動！！
E171 運命の終焉！マグマ・ネオスＶＳザ・ダーク・ルーラー
E172 デュエルアカデミアの危機！立ちはだかる宝玉獣
E173 ダークネスの侵攻！奪われた記憶
E174 発動！「クリアー・ワールド」恐怖のネガティブエフェクト
E175 バトルロワイヤル！十代ＶＳヨハンＶＳ藤原
E176 絆を守りしものレインボー・ネオスＶＳクリアー・ヴィシャス・ナイト
E177 恐怖のコンボ！「虚無と無限」
E178 最後の希望！遊城十代
E179 さよなら十代！涙の卒業式
E180 真の卒業デュエル！十代ＶＳ伝説のデュエリスト
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