魔術師クノンは見えている

遥か昔に勃発した魔王との大戦で魔王を倒した英雄の子孫には時折「何か」がない子供が誕生するようになり、人々はそれを「英雄の傷跡」と呼んだ。生まれながら目が見えない侯爵家の次男クノン・グリオン。人々は彼を祝福したが暗闇の中のクノンは心を閉ざしていく。水の紋章を宿した彼に水の魔術を教える家庭教師ジェニエ。彼女の何気ない一言でクノンの人生が一変する。「魔術を使って、目を作ればいいんだ」

ユーモアな紳士に成長した９歳のクノン。ある晩父に呼び出され、貴族の子供は貴族学校へ通う義務がある事を聞かされる。今まではヒューグリア国王と父の癒着関係でクノンの不登校を問われる事はなかったが、卒業資格を得る為には最低５回の通学と昇級試験が必要だった。クノンの身支度に張り切る母。そして生まれて初めて社交の場へ出る弟を必ず守ろうと心に誓う兄。しかし、そんな兄の心配はクノンには無用で……？

学校生活を楽しむクノンとミリカの前に凶暴性と暴力性を隠そうともせず立ちはだかるライル。「英雄の傷跡」のクノンを許嫁に持つミリカは、兄王子のライルにとって王族の立場を脅かす存在である為常に険悪な態度を取っていたのだが、クノンの紳士モードにすっかりペースを乱されてしまう。そして５日目の登校日。卒業を決める最終試験が行われている頃、ジェニエがクノンに重要な真実を打ち明ける事を決意していた。

新たな魔術師の講師に王宮魔術師を希望するクノン。王宮魔術師の総監ロンディモンドもクノンに興味を持ち、特別に面会の許可が下りる。王城に赴いたクノンを出迎えたのは第二王女レーシャ。ミリカの姉であり王宮魔術師の一人だ。総監との面会の前に、現在の王位継承問題と城内での振る舞いについてクノンに注意しようとするレーシャだったが、そんなややこしい事などどうでもよくなる程クノンの魔術に夢中になっていく。

無事？にロンディモンドのテストをクリアしたクノンはミリカとの初めてのディナーへ。クノンの堂々としてユーモアたっぷりな紳士ぶりは付き添った侍女も舌を巻く程で、ミリカはますますクノンに夢中になっていく。グリオン家に戻ったクノンに王城からの報せが届く。ロンディモンドがクノンの魔術講師に指名したのはゼオンリー・フィンロール。クノンが希望していた王宮魔術師の来訪にワクワクが止まらないクノン。

ゼオンリーの弟子に迎えられたクノン。どんな厳しい修行があるのだろうとワクワクしていたが、与えられた課題は書類の清書作業。それらは全てゼオンリーの研究と実験の覚え書きで重要国家機密でもある。書き殴られた大量の情報を整理し、清書する事でクノンの知識となっていく。まだ知らない魔術の事や初めて触れる魔道具に夢中になっていくクノン。一方ミリカも、新たな目標に向かってクノンには秘密の修行を始めていた。

遂に魔術で念願の目玉『鏡眼』を完成させるクノン。初めて見る景色、初めて見る自分の姿、初めて見るイコやミリカ、そして家族達の姿。見えるその全てが「なんか違う」ものだった。背後にいる巨大な蟹やイコの角など、実体はないのに存在しているクノンだけに見えるもの―ー。眩しく光り輝いて見えるゼオンリーにその事を相談すると、心当たりが２つあるという。ゼオンリーも経験した事のあるその不思議な心当たりとは？

ヒューグリア王国から遠く離れた魔術学校へ出発するクノン。道中立ち寄る祖父の屋敷でイコは新しい侍女と交代する手はずになっている。「僕がイコと離れて生きていけると思う？」クノンが本気で寂しそうにしてもイコの決意は変わらない。クノンが魔術学校という新たな道へ歩き出したのと同じく、イコにも自分の人生へと進む時がやってきたのだ。新しい侍女への引継ぎも滞りなく終了。イコとの別れの時がやってくる。

魔術学校入学試験当日。火属性のハンク、風属性のリーヤ、そして光属性のレイエスと出会う。同じ受験生達に興味津々なクノン。特に光属性の魔術師であり聖教国の聖女とも呼ばれるレイエスにはワクワクが止まらず隙あらばナンパとしか思えない質問を繰り返す。教師を務めるサーフとセイフィに出迎えられたクノン達は、実は魔術師である時点で既に新入生として入学を認められており、今日行われるのはクラス分けの試験だった。

クノン達が合格した特級クラスは学びたい事を自分で選んで好きなだけ学べる自由なクラス。しかし親や国からの仕送りは禁止。生活費は自分の魔術を使って稼がなくてはならないルールがある。早速クノンは水のベッドを使用した睡眠を売る商売をはじめる。これが生徒達にも教師達にも大評判で商売繁盛。しかしレイエスは何を仕事にすればいいのか分からず困窮の危機に。背に腹は代えられず、クノンにアドバイスを求める。

レイエスの金銭問題を解決したクノンを今度はハンクとリーヤが頼ってきた。彼らもまた魔術で何を仕事にすればいいのか悩んでいる。クノンは２人に報酬つきの魔術の実験を手伝ってもらう事に。火の魔術を使うハンクにはクノンが好きなベーコン作りを。風の魔術を使うリーヤには飛ぶ実験を。どちらも初級魔術を使う実験だが調整が難しく苦戦する２人。一方その頃、学校内ではクノンを巡り派閥同士の対決が始まっていた。

魔術学校の特級クラスには生徒達で組織化された「実力」「調和」「合理」３つの派閥がある。入学１カ月を過ぎた新入生達に各派閥からの勧誘が始まった。特にあのゼオンリーの弟子であり、入学初日から話題沸騰の超大型新入生魔術師のクノンの獲得にどの派閥も必死だ。派閥の中でトップクラスの美少女達が次から次へとクノンの勧誘に現れる。女性に甘いクノンは３つの派閥全てに入ると答えてしまい、大騒動になってしまう。

全ての派閥に入ると宣言するクノン。３つの派閥の掛け持ちなど前代未聞だ。クノンにそれ程の価値があるのか見極める魔術対決が行われる。あのゼオンリーの弟子の魔術対決とあって全校生徒と教師達も大注目。「実力」のエリア、「調和」のエルヴァ、「合理」のサンドラとカシス。実力のある先輩達に４人同時に勝負してもいいと言い出すクノン。誰が見ても無謀な挑発なのだが不思議とクノンが負けるとは思えなくて……？