戦国時代の日本、あらゆる願いを叶えるという宝玉・四魂の玉を巡り人間と妖怪の争いが続いていた。 そんな中四魂の玉を守る巫女・桔梗は、半妖の少年・犬夜叉と出逢い、互いに惹かれ合っていった。 しかし何者かの罠に嵌り互いを裏切ってしまい、桔梗は玉を奪った犬夜叉を最後の力で封印し力尽きる。 遺言により四魂の玉は桔梗の亡骸と共に燃やされ、この世から消え去った。 そして500年後、由緒ある神社の娘・日暮かごめは15歳の誕生日に神社の祠にある古びた井戸から戦国時代へとタイムスリップしてしまう。 そして犬夜叉と出逢うことになる。
