深夜! 天才バカボン

久しぶりのアニメ化で、お茶の間に帰ってきたバカボン一家。前回のアニメ化からずいぶん月日も過ぎ、世の中もだいぶ変わったことを知ったパパだったが、そんな中、バカボンが口にした一言からふと何かを思いたち、急いで家を飛び出した!? お久しぶりのバカボン一家と町の人たちが、装いも新たに（？）大騒動を巻き起こす!?

「総集編」 深夜――知る人ぞ知る珍獣・ウナギイヌが、バカボンの家にやってきた。　けれども家はすっかり静まり返っていて……。 「本官の合コン」 おまわりさんの本官が参加する合コンに、パパが選んだメンバーも参加することになった。　女の子にモテたい本官だが、その熱い思いは届くのか!?　合コンのなりゆきを見守ると……？

「映画に出るのだ」 たまたま映画の撮影に来ていた監督と知り合ったバカボン一家。　監督から新しい映画の出演をオファーされた一家は快諾するが、監督のこだわりに振り回されることになる。 「3人目がほしいのだ」 バカボンに「妹がほしい」とねだられたパパは、3人目を作ろうといろいろがんばるが、なかなか思ったようにはゆかず……。

「課金！天才バカボン」 バカボンの家にパパの母校“バカ田大学”の後輩がやってきた。ゲームでついつい課金してしまう後輩だが、その話を聞いたパパが、画期的な（？）番組作りを思いつく。 「擬人化するのだ」 バカボンの家にまたまたパパの後輩がやってきた。ゲームデザイナーをしている後輩は、次のゲームのいいアイディアがないかパパに相談に来たらしい。そんな後輩のためにパパが考えたおすすめのアイディアとは？

ある日バカボンの家に、テレビ局のプロデューサーがやってきた。これまでの放送に不満を持つプロデューサーは、もっとチャレンジに富んだ番組作りをしようと、嫌がるパパやバカボンを無理やり連れ出すと……？ プロデューサーのチャレンジは、番組に新たな進化をもたらすことができるのか!?

「漫画家になるのだ」 バカボンの願いをかなえるためにどうしてもお金が必要なパパが、“人気漫画家”になって大儲けしようと考えた。そこで、パパの友達の漫画家に協力してもらうことに!? 「アニメは大変なのだ」 バカボンの家に突然、アニメーションの制作スタッフがやってきた。スタッフ不足の制作現場で今、大変なことが起きているという。そして、こうしている間にも事態は悪化していて……!?

「プレゼンしますのだ」 なぜか後輩に呼ばれたパパが、約束の時間に、彼が勤める会社にやってきた。後輩はパパを呼び出した理由をわかりやすく説明しようと……？ 「人気声優になりたいのだ」 バカボンが「人気声優になりたい」と言い出した。　“人気声優”がどんな仕事なのか詳しく知ろうと、“人気声優”をやっている人を探すパパが知り合ったのは、何とあの……!?

「活躍したのだ」 パパが、本官、ウナギイヌ、レレレのおじさんに呼び出された。待ち合わせ場所に勢ぞろいしていた3人から、ある相談を持ちかけられたパパは……？ 「ウナギイヌの法事」 パパが法事に行く途中のウナギイヌと出会った。興味を持ったパパは、ウナギイヌが迷惑がるのも気にせず、ムリやり法事についてゆくことにする。

「本官の適性テストなのだ」 ついに、えらい人に呼び出された本官。懲戒免職の危機に直面した本官は、警察官でいるために、与えられた最後のチャンスをものにできるのか？ 「リアル天才バカボン」 バカボンが家を出る？ その時、ついに明かされるバカボン一家の真実とは…

世界中から注目される天才児ハジメが、タイムマシンづくりに成功した。早速、ハジメのタイムマシンで時間旅行を楽しむことにしたバカボン一家は、とりあえず過去にさかのぼってみる。

いつもいつもバカなことばかりしているパパのことがイヤになってしまったバカボン。そんなバカボンが、「パパは赤ちゃんの頃、天才だった」という話を聞き、天才のパパが天才でなくなったできごとを阻止しようと、弟のハジメとともにタイムマシンで過去にさかのぼることにした。　バカボンとハジメは、パパの運命を変えることができるのか？

パパが、できれば今回の放送では、何もしないで過ごしたいと言い出した。ところが本官がいきなり事件（？）を起こし、こともあろうかいろいろなことを要求してきた。おかげで何もしないで過ごせそうになくなるが、それでもパパは、この場を何とかうまくやり過ごし、楽をしようと……？