ゼクス コード リユニオン

5つ異世界との門が開き、ゼクスと呼ばれるモノたちが世界に現れて数年。当初は争っていた人類やゼクス達との関係も安定を見せ始める。不治の病に侵されていた少女・各務原あづみは5つある異世界の内のひとつ「青の世界」から病の治療の代償にリゲルと呼ばれるゼクスと共にとある学園への入学を命じられる。あづみとリゲル、出会ったばかりでぎこちない2人は駅で天ノ川衣奈と出会う、彼女もまた学園に入学する生徒の一人だった。そしてその入学当日、学園は新たなる脅威に直面する。

学園を襲った新たなる脅威に破壊される学園、逃げ惑う生徒たち。そんな中、あづみとリゲルは学園内の施設に逃げ込む。偶然逃げ込んだそここそ新たなる脅威と戦うために造られたドライブシャフトと呼ばれる施設だった。同じように施設に避難してきた天ノ川衣奈、鬼神野シュリ、東雲纏、月形由仁と共に学園長カール・ワイバーンの指示に従ってあづみとリゲルは脅威と戦うために出撃する。

脅威の名は「イネルマ」、そしてこの学園は「イネルマ」と戦うために造られたものだった。あづみとリゲルは一緒に戦った面々と同じチームに編成される。しかし、急造チームゆえに連携が取れず、他のチームとの模擬戦の結果最低ランクの「E」になってしまう。失意の中、宿舎に向かった彼女たちを待っていたのはイラと呼ばれる教師だった。

イラの容赦のない特訓が続き疲労困憊のE組の面々。そんな中イラがランクEチームの生徒同士での模擬戦を行うと告げ、あづみはリゲルと共にシュリと戦うことになる。刀の形状をした特殊のゼクスを扱うシュリ、リゲルは戦闘に怯えるあづみのために一瞬で決着をつけようとするがシュリの超絶の剣技に苦戦する。あづみを守らなければと焦るリゲル。と、そこにあづみが突然介入する。驚くリゲル。しかし、あづみの言葉に導かれ徐々に形勢を戻していく。

熱血教師「イラ」の指導により徐々に力をつけてきたあづみ達ランクEチームを待っていたのは他のチームとの対抗戦だった。ランクDチームとの対戦に臨むが、過去のトラウマによりゼクスを暴走させた東雲纏が味方を攻撃した結果敗北してしまう。落ち込む纏を励ます衣奈に纏はかつて生き別れた姉の姿を見る。翌日のランクDチームと再試合、衣奈の励まして心を落ち着かせた纏は自身のパートナーゼクス「ゾンネ」と突如合体、それこそがイグニッションオーバーブーストと呼ばれる新たな力だった。

熱血教師「イラ」の過酷な指導に耐えかねた月形由仁、「働きたくない」のモットーにする彼女は学園からの脱走を決意する。深夜脱走しようとした由仁だったが、鬼神野シュリに見つかってしまう。連れ戻される覚悟を決めた由仁だったが、シュリは意外にも同じように脱走してしまう。なんとシュリは自身の修行のために学園からの脱走を企てたのだった。

学園の期末考査は生徒同士の模擬戦によって行われる。入学時の模擬戦でランクEになってしまったあづみ達は、この模擬戦でランクを上げることが出来なければ退学になってしまう。期末考査、初戦の相手は学園最強のランクA。覚悟を決めたEチーム一同。今まさに勝負が始まるその時、新たなイネルマが襲来する。イネルマの作り出した空間に捕らわれるあづみ達。前回を超えるイネルマの力に苦しめられる仲間を救ったのはあづみとリゲルのイグニッションオーバーブーストだった。

イネルマとの戦いがひと段落し、再開された期末考査。結果は振るわなかったものの、イネルマ戦の功績を認められ退学を免れたあづみ達はひと時の休息を迎える。そんな時、月形由仁が海に行こうと提案する。不思議がるあづみ達、招かれたのは月形家が所有する別荘だった。最初は偶然から組まれたチームだったが、訓練や戦いを経るうちに絆が生まれていることをあづみは感じる。

ランクAチームを超える学園最強の生徒会チーム。そんな彼女達が突如学園を去ることを告げられたあづみ達。ランクAのリーダーである烏丸精華は清々した、これで自分たちが学園最強だと言うが、あづみはそんな言葉の中に寂しさを感じとる。素直になれない精華のためにあづみ達が企画したのは生徒会チームのお別れ会だった。

次なるイネルマの襲来に備えて着々と準備を進める学園。そんな中であづみは一度は成功したはずのリゲルとのイグニッションオーバーブーストが成功しないことに思い悩む。リゲルを拒絶しているかもしれないと悩むあづみに衣奈はアドバイスを送る。一方、イラはあづみ達にこの世界について、イネルマの後ろにいるであろう真の敵について語り始める。

第3のイネルマの襲来と衣奈の裏切りに混乱するあづみ達。ランクEチーム以外がやられ、ピンチに陥った学園は衣奈を切り捨てることを選択する。混乱するあづみ達。しかし、衣奈の中に自分たちを思いやる心を見つけたあづみ達は学園の選択を撥ね退け、衣奈を助けることを選択する。そして、そのあづみの決意とリゲルの想いがついにイグニッションオーバーブーストへの扉を開く。

イグニッションオーバーブーストを成功させたあづみの一撃で遂に衣奈を取り戻すことに成功したあづみ達。月を喰らい成長するイネルマとその背後にいる神に対して、戦いを挑む。あづみの、リゲルの、ランクEチーム渾身の一撃がイネルマに突き刺さる。