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월광관 고교의 전학생 유키 마코토. 마코토는 쉐도우라는 괴물의 습격을 받게 된다. 마코토는 이를 통해 페르소나를 각성하고, 특별과외활동부라는 페르소나를 구사하는 자들로 이뤄진 부에 소속된다. 마코토는 처음에는 그저 흐르는 시간에 맡긴채 행동했지만, 쉐도우와의 싸움이 계속되며 부원들과 끈끈한 마음을 갖게 된다. 특별과외활동부는 새로운 멤버를 맞이 하고... 쉐도우와의 싸움은 계속 이어진다.
