Makoto Konno está no último ano do ensino secundário, mas está com dificuldades em decidir o que fazer com o seu futuro. Entre suportar a pressão dos professores e passar o tempo com as suas melhores amigas, a vida de Makoto muda repentinamente quando ela descobre acidentalmente que é capaz de literalmente viajar no tempo. Toki wo Kakeru Shoujo acompanha Makoto enquanto ela brinca com o seu novo poder. No entanto, ela logo aprende da maneira mais difícil que cada escolha tem uma consequência e que o tempo é muito mais complicado do que parece.
