Em pleno ano de 2065, o caos e destruição rondam a Terra. Um meteoro atingiu o planeta e lançou ao longo de toda a superfície terrestre milhões de aliens, que têm por objetivo extinguir toda a vida do planeta. Com isso, as cidades foram abandonadas, a população foi dizimada e os poucos seres humanos que restam precisam encontrar meios para sobreviver. Um deles é a Dra. Aki Ross, uma bela e determinada cientista que foi infectada de forma mortal pelos aliens e tem a chave para descobrir o ponto fraco de seu oponente. Agora, com a orientação de seu mentor científico, Dr. Sid, e a ajuda do esquadrão militar Deep Eyes, comandado pelo capitão Gray Edwards, a Dra. Ross busca salvar não apenas o planeta Terra, mas também a si mesma.
