ゴジラシリーズ第9作。２０世紀末、国連科学委員会は小笠原諸島のとある島に怪獣ランドを建設。ゴジラをはじめとする怪獣たちを一堂に集め、平和裏に管理していた。だが、怪獣ランドに謎の毒ガスが充満。その直後、怪獣ランドの怪獣たちは世界各地を襲撃し始めるのだった。国連科学委員会はキラアク星人の地球征服計画を突き止め、新鋭宇宙艇ムーンライトＳＹ－３を発進させ、月にあるキラアクの怪獣操縦装置の奪取に成功。地球怪獣連合の反撃が始まる。だがキラアク星人は地球にキングギドラを送り込み、形勢逆転を狙うが…。
