在人工卫星生活的新人类“COORDINATOR”，在认知世间开始了数十年后…C.E.70.02.11…地球联合与Z.A.F.T.因为经济的摩擦而引起对立，正处于胶着状态，两者试图循外交手段来解决纠纷，但种种问题把两方塞在岔道中，最后终于宣布开战。两派的战与和在所谓的“血染情人节”事件后变成了彻底的战争，情人节期间，人类利用核弹攻击了新人类的卫星，造成大量伤亡。两方势力的全面开战直接导致了一些事件的发生，比如将第三方中立势力拖入战斗，也把一些少年卷入战争的旋涡。基拉·大和是一名的工业大学学生，曾与新人类势力的最高权利人士萨拉议长的儿子阿斯兰是非常要好的朋友，阿斯兰回国后，基拉过着平静的日子。一直到有一天与一帮朋友去学校，却碰到ZAFT军来这里抢夺高达，基拉便因此得以进入高达内部开始驾驶高达，并与自己儿时的好朋友阿斯兰作战。
