C.E.71、工学を専攻するコーディネイターの少年キラ・ヤマトはナチュラルの友人達に囲まれ、中立国オーブの資源衛星ヘリオポリスで平和に暮らしていた。 しかし中立のはずのヘリオポリスでは地球連合軍による新型MSの開発が秘密裏に行われており、その情報を掴んだプラントの国軍・ザフトによりヘリオポリスは強襲を受ける。 悲鳴と兵士や技術者たちの血が飛び交う中を逃げ惑い、思いがけずMS工場に辿り着いたキラは、ザフトの軍人となり新型MS強奪の命を受けたかつての親友アスラン・ザラと再会する。
Season 0
5 Episodes
Season 1
50 Episodes
Season 2
E1 偽りの平和
E2 その名はガンダム
E3 崩壊の大地
E4 サイレントラン
E5 フェイズシフトダウン
E6 消えるガンダム
E7 宇宙の傷跡
E8 敵軍の歌姫
E9 消えていく光
E10 分かたれた道
E11 目覚める刃
E12 フレイの選択
E13 宇宙(そら)に降る星
E14 果てしなき時の中で
E15 それぞれの孤独
E16 燃える砂塵
E17 カガリ再び
E18 ペイバック
E19 宿敵の牙
E20 おだやかな日に
E21 砂塵の果て
E22 紅に染まる海
E23 運命の出会い
E24 二人だけの戦争
E25 平和の国
E26 モーメント
E27 果てなき輪舞（ロンド）
E28 キラ
E29 さだめの楔
E30 閃光の刻
E31 慟哭の空
E32 約束の地に
E33 闇の胎動
E34 まなざしの先
E35 舞い降りる剣（つるぎ）
E36 正義の名のもとに
E37 神のいかずち
E38 決意の砲火
E39 アスラン
E40 暁の宇宙へ（そらへ）
E41 ゆれる世界
E42 ラクス出撃
E43 立ちはだかるもの
E44 螺旋の邂逅
E45 開く扉
E46 たましいの場所
E47 悪夢は再び
E48 怒りの日
E49 終末の光
E50 終わらない明日へ
