地球連邦軍内のエゥーゴとティターンズの戦いであるグリプス戦役が終結して数日後。ティターンズには、かろうじて勝ったものの、深く傷ついたエゥーゴの強襲巡洋艦アーガマはその船体を休めるべくサイド１のコロニー、シャングリラに向かっていた。 なんとかシャングリラに入港したアーガマだったが、主力パイロットのカミーユ・ビダンは精神を崩壊させてしまい戦力不足は否めない。そんなおりシャングリラでジャンク屋を営むジュドー・アーシタがＺガンダムを盗み出し一儲けしようとアーガマに潜入した。アーガマに続きシャングリラへ入港してきたのが、アクシズの巡洋艦エンドラ。司令官であるマシュマー・セロは宿敵であるアーガマを拿捕し、心酔するハマーン・カーンに献上しようというのである。襲い来るアクシズに対し、偶然からＺガンダムで立ち向かったジュドーは、アーガマ艦長ブライトからパイロットに勧誘される。渋っていたジュドーだったが、妹リィナがアクシズにさらわれてしまいエゥーゴに参加せざるおえなくなる。 やがてアナハイムエレクトロニクスのドック艦ラビアンローズと接触したアーガマは新型ＭＳのＺＺガンダムを受け取った。同時にアーガマがエゥーゴの上層部から受けた命令は単独でハマーン艦隊を追撃、殲滅せよというものだった。
