Muito pouco muda na rotina diária de Kenji Seki. Todas as manhãs, ele leva o seu cão à praia na esperança de ver a sua colega de turma, Kahori Harukawa, enquanto ela surfa. Depois, encontra-se com a sua vizinha e amiga de infância, Natsuki Suzuura, e vão juntos para a escola. Essencialmente, ele vive uma vida idílica, onde a única coisa com que precisa de se preocupar é como finalmente confessar os seus sentimentos a Kahori. A rotina da vida de Kenji é interrompida pela chegada de um misterioso aluno transferido. Ryouichi Kyougoku, que afirma ser um médium, tem o carisma e a popularidade com que Kenji sempre sonhou. Em pouco tempo, Kahori começa a demonstrar sentimentos por Ryouichi, e Natsuki fica distante sempre que Kenji tenta falar sobre os seus sentimentos. À medida que a vida de Kenji é lançada no caos, como a chegada de Ryouichi afetará aqueles ao seu redor? Nerawareta Gakuen acompanha esses estudantes do ensino médio, antes típicos, à medida que se envolvem com o sobrenatural.
