Com o divórcio dos pais, Koyomi Hidaka, de sete anos, toma a importante decisão de ir morar com o pai. Como investigador do Instituto Japonês de Ciência Virtual, o pai de Koyomi está envolvido na investigação do fenómeno dos mundos paralelos. Através do trabalho do pai, o jovem rapaz conhece Shiori Satou, filha de outro investigador divorciado. Tornando-se rapidamente amigos, os dois passam grande parte da infância juntos. À medida que Koyomi e Shiori se tornam mais próximos ao longo dos anos, os dois planeiam casar-se no futuro. No entanto, o seu plano é interrompido quando os seus pais decidem casar-se. Agora destinados a serem meio-irmãos, os dois amigos se recusam a aceitar a nova realidade. Usando a pesquisa dos pais, Koyomi e Shiori fogem para um mundo paralelo para recomeçar suas vidas juntos, mas acabam enfrentando repercussões que colocam em risco o futuro pelo qual lutaram.
