Após a tentativa falhada da NERV de recuperar as Lanças de Longino e de levar avante o Projecto de Instrumentalidade Humana, a destruição causada pelo Quarto Impacto foi em grande parte evitada. No meio do caos, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami e Rei Ayanami viajam até à Vila 3, um assentamento de sobreviventes livre da devastação da Terra. Aí, Shinji reconcilia-se lentamente com o seu passado, construindo uma vida completamente diferente dos seus dias como piloto de Evangelion. Entretanto, a NERV prepara-se para continuar o Projecto de Instrumentalidade através de um novo Impacto. Quando a principal nave de guerra aérea da WILLE chega à aldeia, Shinji decide embarcar, acreditando que pode ajudar pilotando um Evangelion. À medida que novos segredos são revelados e uma batalha entre a WILLE e a NERV se aproxima, o futuro da Terra fica por um fio. Será que Shinji conseguirá salvar a humanidade e o resto do mundo pela última vez?
