Passaram catorze anos desde o Terceiro Impacto, mas os Anjos continuam os seus ataques contra a humanidade. Ikari Shinji é resgatado da Unidade Evangelion 01 e descobre que as coisas mudaram, o mundo foi devastado, os seus antigos aliados da NERV tornaram-se hostis para ele, e Ayanami Rei, a rapariga por quem Shinji arriscou tudo, não a encontra. Enquanto tenta adaptar-se a este novo e estranho mundo, Shinji faz amizade com a enigmática Nagisa Kaworu. Na sua busca por Rei, a dupla descobre as verdades por detrás dos Anjos, da NERV e dos Evangelions. Uma ténue esperança permanece para os dois rapazes a única oportunidade para desfazer os erros do passado. Agora, o resto da humanidade estão atrás deles, os Anjos apressam-se a detê-los, e os seus velhos amigos declararam-nos o inimigo público número um. Apenas Kaworu para o apoiar e o mundo inteiro contra ele, Shinji tem de lutar pela sua única hipótese de redenção. Mas isso pode muito bem significar terminar o que começou o fim do mundo.
