かつてエーゲ海に君臨し、脅威の機械化文明を誇った古代ミケーネ帝国。ドクター・ヘルの機械獣を作った存在でもある彼らが、ついに地上世界支配に乗り出した。闇の帝王を頂点に、暗黒大将軍やアルゴス長官といった大幹部、そして七大将軍率いる戦闘獣軍団という一大帝国に対し、敢然と立ち上がったのは兜剣造と科学要塞研究所。その最大の戦力は、マジンガーＺをも超えた新勇者・グレートマジンガーである。マジンガーＺ最大の危機を救った剣鉄也とグレートマジンガーは、甲児とＺの後を引き継いで世界防衛の最前線に立つと、女性パイロット・炎ジュンと彼女のスーパーロボット・ビューナスＡと共に、ミケーネ帝国の戦闘獣との激戦を展開する。果たして人類は、未曾有の危機に打ち勝つことが出来るのか!?
