Shinji Ikari fica em coma emocional após a morte de um amigo querido. Com o seu filho mentalmente incapaz de pilotar o robô humanoide Evangelion Unit-01, a NERV de Gendou Ikari corre contra a organização secreta SEELE para ver quem consegue executar o seu plano final primeiro. A SEELE deseja criar um ser divino fundindo as suas próprias almas numa unidade Evangelion, enquanto Gendou deseja reverter toda a humanidade num ser primordial para que se possa reunir com Yui, a sua falecida esposa. A SEELE liberta as suas forças militares numa invasão letal à sede da NERV. As forças da SEELE eliminam os cientistas e o pessoal de segurança da NERV, Asuka Langley Souryuu pilota a Unidade Evangelion-02 numa última e desesperada resistência contra o armamento mais pesado da SEELE. A batalha continua, e um Shinji deprimido esconde-se nas profundezas da sede da NERV. Com o destino do mundo nas mãos de Shinji, a Capitã Misato Katsuragi caça o adolescente enquanto a sociedade se desmorona à sua volta.
