A terra natal dos Genesect já não existe. Após trezentos milhões de anos, as montanhas nevadas onde os Pokémon paleozóicos viviam já não são habitáveis, mas nem toda a raça está realmente extinta. Vários espécimes ainda estão vivos e desesperados por encontrar um novo lugar para chamar de lar. Liderados por um Genesect Shiny e acompanhados pelo Pokémon lendário Mewtwo, as criaturas vagabundas chegam a New Tork City. Percebendo que o horizonte da cidade é semelhante ao seu habitat inicial, os Genesect tomam conta do centro da cidade, expulsando outros Pokémon e ameaçando a existência da população local. Além disso, o líder dos Genesect confronta Mewtwo num duelo astuto e acelerado que está prestes a destruir toda a cidade, e cabe a Satoshi e seus companheiros salvar a cidade e reconciliar os Pokémon em conflito.
